انجام اکوکاردیوگرافی مری در کودکان در سال 1387 در این مرکز راه اندازی گردید که در حال حاضر امکان انجام آن حتی در شیرخواران کوچک در حین عمل جراحی قلب و همچنین در زمان انجام اینترونشن قلبی موجود می باشد. در این زمینه نیز با راه اندازی دوره تکمیلی مربوطه امکان آموزش برای متقاضیان از سراسر کشور فراهم می باشد .