دپارتمان قلب کودکان مرکز قلب و عروق شهید رجائی اولین مرکز تشخیص و درمان بیماریهای کودکان و نوجوانان در کشور بوده که در سال 1353 همزمان با تأسیس مرکز قلب و عروق شهید رجایی شروع بکار نموده و از آن زمان تاکنون همواره پیشگام در ارائه خدمات آموزشی ، درمانی ، تحقیقاتی و بزرگترین مرکز ارجاعی کشور برای بیماریهای قلبی کودکان و نوجوانان می باشد.
این دپارتمان از سال 1392 به عنوان قطب علمی قلب کودکان کشور انتخاب گردیده است.
در حال حاضر قطب قلب کودکان ، با 140تخت بستری و درمانگاههای سر پایی که همه روزه صبح و عصر فعال می باشند ، بزرگترین و مجهزترین مرکز ارائه کننده خدمات قلبی به کودکان کشور می باشد .